Uma das grandes dúvidas de empresas optantes do Simples Nacional é como recuperar tributos pagos indevidamente, isto, pelo fato do Simples ser um regime tributário diferenciado e simplificado. O recolhimento dos tributos ocorre de forma antecipada, a partir de um pressuposto do que seria recolhido em toda a cadeia produtiva até o consumidor final.
Inúmeras empresas optantes (revendedores atacadistas ou varejistas) recolhem tributos mais do que deveriam, na medida em que não realizam a sonegação das receitas decorrentes da venda de produtos sujeitos à tributação Monofásica ou à Substituição Tributária do PIS/Pasep e da COFINS.
Através do regime monofásico e da substituição tributária, o Fisco consegue antecipar todos os fatos geradores dos tributos, exigindo do fabricante/produtor ou importadores os montantes correspondentes na própria origem, de modo que os demais participantes da cadeia de consumo (revendedores) não precisam promover o recolhimento dos tributos, pois tal operação já foi feita antecipadamente.
O correto seria que as empresas identificassem quais receitas têm tributação concentrada de PIS/Pasep e COFINS e realizassem a devida segregação na apuração, distinguindo-as em campos próprios, de forma a evitar que seja feito o pagamento das contribuições que já foram pagas na origem.
Entretanto, grande parte dos contribuintes, por falta de conhecimento ou classificação fiscal incorreta, preenchem de forma indevida as informações declaradas ao Fisco, resultando em pagamento a maior destas contribuições, além do fato, que em muitos casos, o fabricantes classificam indevidamente as mercadorias, gerando prejuízo na cadeia tributária da empresa adquirente.
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